Các kỹ thuật điện di thường sử dụng Điện

Các kỹ thuật điện di thường sử dụng Điện_di

Điện di trên gel agarose

Điện di trên gel agarose là phương pháp thông thường để giải quyết DNA trong phòng thí nghiệm. Gel agarose có thấp hơn năng suất phân giải cho DNA hơn gel acrylamide, nhưng họ có phạm vi lớn hơn của tách, và do đó thường được sử dụng cho các đoạn ADN với độ dài của 50-20,000 bp (cặp base), mặc dù độ phân giải của hơn 6 Mb có thể với xung điện di gel trường (PFGE). [16] Nó cũng có thể được sử dụng để tách các phân tử protein lớn, và nó là ma trận ưu tiên cho điện di gel của các hạt có bán kính hiệu quả lớn hơn 5-10 nm.

Kích thước lỗ chân lông của gel ảnh hưởng đến kích thước của DNA có thể được thuyên giảm. Nồng độ gel càng thấp thì kích thước lỗ càng lớn, và DNA càng lớn thì càng tốt. Tuy nhiên, gel có nồng độ thấp (0,1 - 0,2%) rất mỏng manh và do đó khó xử lý, và điện di của các phân tử DNA lớn có thể mất vài ngày. Giới hạn độ phân giải của điện di gel agarose chuẩn là khoảng 750 kb. Giới hạn này có thể được khắc phục bởi PFGE, nơi mà các trường điện trực giao xen kẽ được áp dụng cho gel. Các mảnh ADN định hướng lại bản thân khi trường ứng dụng chuyển hướng, nhưng các phân tử ADN lớn hơn mất nhiều thời gian hơn để tự điều chỉnh khi điện trường bị thay đổi, trong khi điện trường nhỏ hơn, và DNA có thể được phân chia theo kích thước.

Gel agarose được đúc trong khuôn, và khi được đặt, thường chạy theo chiều ngang ngập trong dung dịch đệm. Bộ đệm Tris-acetate-EDTA và Tris-Borate-EDTA thường được sử dụng, nhưng các bộ đệm khác như Tris-phosphate, barbituric acid-sodium barbiturate hoặc Tris- barbiturate buffer có thể được sử dụng trong các ứng dụng khác. DNA thường được hình dung bằng cách nhuộm với ethidium bromide (chất hóa học có khả năng gây ung thư) và sau đó được xem dưới ánh sáng tia cực tím, nhưng các phương pháp nhuộm màu khác có sẵn, chẳng hạn như SYBR Green, GelRed, xanh methylen và tinh thể tím. Nếu các đoạn DNA tách rời là cần thiết cho thí nghiệm tiếp tục ở hạ lưu, chúng có thể được cắt ra từ gel trong lát để thao tác tiếp theo.

Điện di trên gel polyacrylamid

Kỹ thuật điện di gel polyacrylamid thường áp dụng cho protein, ADN, và các phân tử tương tự. Nguyên lý hoạt động gần giống điện di trên gel agarose. Nhờ độ phân giải tốt, gel polyacrylamid thường dùng để phân tích các phân tử ADN có kích thước và độ dài từ 50 đến 30,000 cặp base. Gel polyacrylamid có nồng độ từ 6% đến 20%, nồng độ càng lớn thì độ phân giải càng cao và ngược lại. Và độ phân giải của gel polyacrylamid luôn tốt hơn độ phân giải của gel agarose khi dùng để phân tích các phân tử với kích thước và độ dài như đã đề cập. Gel polyacrylamid thường chuyển sang gel agarose khi phân tích các phân tử ADN có độ dài hơn 30,000 cặp base. Và dung dịch đệm thường được sử dụng như Tris-borate-EDTA.